بررسی ساختارهای جوامع و خرده جوامع دامی به روش خوشه‌بندی شبکه‌ای بدون نظارت با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم
نویسندگان
چکیده مقاله:
رشد روزافزون اطلاعات حاصل از تعیین ژنوتیپ نمونه‌ها به‌ویژه با استفاده از توالی‌یابی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی (SNP) سبب تحول در تجزیه‌وتحلیل دقیق ساختار جوامع در گونه‌های مختلف شده است. تاکنون از روش‌های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود در کل ژنوم استفاده شده است که هرکدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در بررسی حاضر از خوشه‌بندی شبکه‌ای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر داده‌کاوی است، برای بررسی ساختار جوامع شبیه‌سازی‌شده و کشف خرده‌جوامع موجود استفاده شد. هدف از به‌کاربردن این روش، دستیابی به ساختار جمعیتی بدون هیچ‌گونه آگاهی از اطلاعات شجره‌ای افراد بود. در شبیه‌سازی انجام‌گرفته بدین منظور پس از ویرایش داده‌ها، 29209 نشانگر اتوزومی از 159 دام، تجزیه‌وتحلیل شدند. نتایج نشان داد که حیوانات براساس شباهت‌ها و تفاوت‌ها به‌خوبی در جوامع مربوطه قرارگرفتند و خرده‌جوامع موجود نیز درون هر جمعیت نمایان شدند. مزیت اصلی این روش، کارایی محاسباتی بالا و نیازنبودن به فرض‌های پیشین در آن است؛ بنابراین به محقق این امکان را می‌دهد که ساختار جوامع متشکل از هزاران حیوان را بدون داشتن هرگونه اطلاعاتی از شجره و نژاد، تجزیه‌وتحلیل کند.
منابع مشابه
بررسی ساختارهای جوامع و خرده جوامع دامی به روش خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم
رشد روزافزون اطلاعات حاصل از تعیین ژنوتیپ نمونه ها به ویژه با استفاده از توالی یابی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (snp) سبب تحول در تجزیه وتحلیل دقیق ساختار جوامع در گونه های مختلف شده است. تاکنون از روش های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود در کل ژنوم استفاده شده است که هرکدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در بررسی حاضر از خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت یا spc که روشی مبتنی بر د...
متن کاملبررسی تغییرات ژنتیکی جوامع پده با استفاده از آنزیم پراکسیداز
گونه پده (Populus euphratica Oliv.) به طور طبیعی در مناطق گسترده ای از ایران انتشار یافته و بومی مناطق خشک و نیمه خشک است. تنوع جغرافیایی و اقلیمی در گستره انتشار این گونه سبب شده تا تفاوتهایی از نظر مورفولوژیکی و ژنتیکی میان درختان در رویشگاههای مختلف حاصل گردد. بررسی ایزوآنزیمی با استفاده از آنزیم پراکسیداز برای تعیین تغییرات ژنتیکی جوامع پده درباره 110 نمونه از برگ در یازده رویشگاه طبیعی که...
متن کاملارزیابی تنوع ژنتیکی شاه‌بلوط اروپایی Castanea sativa در جوامع مختلف استان گیلان با استفاده از نشانگرهای SSR
بررسی تنوع ژنتیکی برای شناسایی ژنوتیپ‌های برتر، نخستین گام در هر برنامة پایش و گسترش پایدار کشت گونه‌های گیاهی است. در این پژوهش، تنوع و ساختار ژنتیکی سه جمعیت شاه‌بلوط اروپایی (Castanea sativa Mill.) دربرگیرندة 41 ژنوتیپ در استان گیلان با بهره‌گیری از نشانگرهای SSR بررسی شد. استخراج DNA از برگهای جوان به روش CTAB و سپس تکثیر با 14 آغازگر ریزماهواره به روش PCR انجام گرفت. فرآورده‌های ...
متن کاملمقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure
کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...
متن کاملطبقه بندی نظارت شده جوامع گیاهی شمشاد هیرکانی با استفاده از شبکه عصبی مصنوعی
در این پژوهش، کاربرد روش شبکه عصبی مصنوعی یا MLP در فرآیند تخصیص رلوه- گروه‌ها/جوامع‌گیاهی با استفاده از پایگاه اطلاعاتی ترکیب‌گیاهی جنگل‌های شمشاد هیرکانی (Buxus hyrcana Pojark.) ارزیابی شد. برای این منظور، نخست گروه‌های بوم‌شناختی و جامعه‌شناختی شمشاد هیرکانی به ترتیب با استفاده از نتایج دو روش عددی TWINSPAN و تجربی براون-بلانکه تعیین شد. نتایج هر دو دارنگاره عددی و تجربی طبقه‌بندی مشتمل بر 7...
متن کاملمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
عنوان ژورنال
دوره 46 شماره 3
صفحات 277- 287
تاریخ انتشار 2015-09-23
با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023